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El Código Contencioso Administrativo de 1984 prevé que el recurso de apelación puede interponerse directamente, o como subsidiario del de reposición (art. 51). Entonces surge una pregunta: si se presenta como subsidiario, ¿puede entrarse a resolver la apelación aunque no se haya resuelto el de reposición? La respuesta, según un pronunciamiento del Consejo de Estado, es "sí", siempre y cuando se haya producido el silencio negativo. No habría violación del debido proceso.

El caso se presentó en un trámite marcario ante la Superintendencia de Industria y Comercio. Hubo una oposición contra el registro de una marca, la cual se declaró infundada; pesentado el recurso de reposición y en subsidio de apelación, el Superintendente Delegado para la Propiedad Industrial resolvió este último directamente, lo cual fue uno de los motivos de la demanda ante la justicia contencioso administrativa. El Consejo de Estado resolvió el tema así:

"En cuanto a los artículos 29 de la Constitución Política, en concordancia con los artículos 3º y 50 del C.C.A., cuya violación la hace consistir en que la entidad demandada decidió el recurso de apelación sin que se hubiera decidido el de reposición, pese a que interpuso ambos en tiempo, se observa que ello parece ser cierto, por cuanto en el expediente administrativo no obra el acto que desató dicho recurso ni se menciona en la Resolución Núm. 19194 de 16 de septiembre de 1999, que decidió la apelación. Sin embargo, la Sala estima que dadas las circunstancias de esa situación, la misma no tiene la incidencia suficiente para que afecte la validez del acto acusado, por cuanto si bien puede configurar una irregularidad, ella cabe tenerse como no sustancial, toda vez que el recurso fue presentado el 17 de septiembre de 1997, y después de transcurrido algo más de dos años el beneficiario del acto impugnado pone de presente que los recursos aún no se han decidido y solicita que se impulse el trámite respectivo y se proceda a resolverlos, ya que la indefinición de los recursos le estaban causando perjuicios. Lo anterior significa que había tenido ocurrencia el silencio administrativo negativo, de modo que el recurso de reposición podía darse como negado, de suerte que por economía procesal el superior podía proceder a decidir el recurso de apelación, como en efecto lo hizo, también en sentido negativo, pues según el artículo 60 del C.C.A. la ocurrencia del silencio administrativo negativo no le impide resolver mientras no se haya acudido ante la jurisdicción contencioso administrativa, y en este caso no se da este último evento. Por consiguiente, el cargo no tiene vocación de prosperar." (CONSEJO DE ESTADO, SALA DE LO CONTENCIOSO , ADMINISTRATIVO, SECCIÓN PRIMERA, Consejero ponente: RAFAEL E. OSTAU DE LAFONT PIANETA, 22 de octubre de 2004, Radicación número: 11001-03-24-000-2000-6123-01, Actor: ALBEIRO RESTREPO SALAZAR, Demandado: SUPERINTENDENCIA DE INDUSTRIA Y COMERCIO, Referencia: ACCION DE NULIDAD)